Na konkrétní ustanovení Vás odkázat nemůžeme, zákon o obcích je v úpravě činnosti kontrolního (ale vlastně jakéhokoli) výboru velmi stručný.
To je však ve Vašem případě pozitivum. Když zákon o obcích nestanovuje kontrolnímu výboru tajné hlasování jako povinné, může zastupitelstvo v jednacím řádu KV upravit formu hlasování téměř jakkoliv.
Zároveň nutno upozornit, že jednací řády nemohou úplně volně upravovat hlasování tak, že lze tajně hlasovat o jakékoliv věci (například o rozpočtu, o kontrole). Takové hlasování je obecně přípustné jen v případech personálních rozhodnutí. To ovšem neplyne z žádného konkrétního ustanovení, ale pouze z obecného výkladu principu publicity veřejné správy. Zmocnění zastupitelstva upravit jednacím řádem jednání zastupitelstva neznamená, že může bezdůvodně omezovat přístup veřejnosti k některým informacím, a to i z jednání poradních orgánů (výborů). Tajné hlasování představuje omezení přístupu k informaci o tom, jak kdo hlasoval.
Váš návrh je však logicky problematický. Nic by totiž nebránilo, aby kdokoli, kdo v tajném hlasování byl např. PRO, požádal, aby byl v protokolu uveden jako PROTI. Informační i případně důkazní hodnota takového protokolování je tedy nulová, ba dokonce potenciálně nepravdivá. Představitelný je sice postup, kdy před vhozením "tajného" hlasovacího lístku do urny jej ukážete a necháte zaprotokolovat (či alespoň budete mít svědky), to je ovšem již poněkud divadelní postup. Pokud jde však o rozhodnutí, které se potenciálně může stát předmětem policejního vyšetřování, lze jej jistě učinit. Jinými slovy nelze člena výboru či zastupitelstva přinutit, aby v rámci "tajného" hlasování nebylo možné jeho postoj odlišit od postojů ostatních.
Pokud chcete být zbaven podezření, že jste v určitém tajném hlasování zaujal určité stanovisko, je vedle zmíněné "divadelní" formy ještě možnost se hlasování neúčastnit a to nechat zaprotokolovat do zápisu. Jako odůvodnění můžete uvádět právě skutečnost, že tajné hlasování se využívá neoprávněně.