Dle mého soudu je anonymizace podpisů správná, resp. oprávněná zhruba ve smyslu, jak ji ministerstvo dle Vaší citace uvádí. 
Jiná otázka však je, co se prakticky myslí pojmem "anonymizace". Nemusí totiž jít o následné znečitelnění (vymazání, překrytí ap.) již vloženého podpisu, ale může jít o poskytnutí podoby dokumentu před jeho vlastnoručním podepsáním. Princip InfZ směřuje k takovému pojetí - poskytují se informace, nikoliv dokumenty. Z dokumentů se poskytuje jejich informační obsah, nikoli jeho fyzické vyjádření, jakým jen například grafické provedení (pokud samo o sobě nepředstavuje požadovanou informaci). 
Pokud se tedy anonymizace používá jako důvod pro zdržení, úhradu či jinou obstrukci, považoval bych to za nesprávné.