K § 7 odst. 2, jenž stanoví tzv. „beneficium“ (úlevu) od sankce zrušení smlouvy při nezveřejnění „části smlouvy“, a tedy k vaší otázce existují (bohužel) dva výklady.
Jeden, přísnější (BOUDA, Petr, FADRNÝ, Martin, FRANC, Pavel, MAZEL, Filip. Zákon o registru smluv. 1. vydání. Praha: Nakladatelství C. H. Beck, 2016, s. 50. ISBN 978-80-7400-626-5) trvá na tom, že použití výjimky je možné pouze a výhradně pro případy, popsané v § 5 odst. 6, tedy ty, kdy i) jde o povinný subjekt určitého typu (ne každý povinný subjekt), a ii) došlo k chybnému nezveřejnění části smlouvy a/nebo metadat pouze a výhradně z důvodu ochrany obchodního tajemství.
Druhý výklad je méně striktní, je volnější a je pouze naznačený např. v Metodickém návodu k aplikaci zákona o registru smluv Ministerstva vnitra. Tato metodika popisuje věc nejprve (poněkud mezi řádky) tak, že by první část věty v § 7 odst. 2 bylo možné vykládat samostatně, tedy bez vztahu k vymezení odkazem na § 5 odst. 6, který je až v druhé části věty (za spojkou „nebo“), a tedy že beneficium lze použít i v případech, kdy i) nejde jen o určitý okruh povinných subjektů, ale o jakýkoliv povinný subjekt, a ii) důvodem pro nezveřejnění části smlouvy bylo cokoliv, tedy zejména některý z právních důvodů jako je ochrana osobních údajů, obchodního tajemství apod., ale třeba i opomenutí, přehmat apod. Nicméně i tato metodika MV vzápětí upozorňuje i na možnost přísnějšího, užšího, striktnějšího výkladu s tím, že není možné odhadnout, jaký výklad by při případném sporu zaujal soud, a proto nabádá k obezřetnosti.
Já osobně se přikláním k tomuto volnějšímu výkladu, byť znám a respektuji i argumentaci, kterou předkládá např. spoluautor prve uvedeného komentáře, p. Bouda.
Pokud bych měl doporučit úvahu, jak se s takovou situací vypořádat, nasměroval bych vás k postupu podle vyhodnocení rizika. Pokud vámi popsaný případ se týká smlouvy, u které lze téměř vyloučit riziko nějakého sporu, řešeného u soudu, s dopady do odpovědnosti za závazky plynoucí ze smlouvy (vady díla, záruka, reklamace, odpovědnost za škodu atd.), anebo jde o natolik malý rozsah hodnot (peněz, věcí, práv…), že riziko je zanedbatelné, troufl bych si uplatnit beneficium podle § 7 odst. 2, tzn. do měsíce od „odhalení“ závady ji napravit (přidáním nové přílohy dosavadního záznamu v registru smluv s úplným textovým obsahem).
Pokud by však výše naznačená rizika byla významná, z důvodu předběžné opatrnosti bych doporučil nahlížet na smlouvu jako na zrušenou a sjednat s druhou stranou smlouvu o vypořádání bezdůvodného obohacení či závazků a takovou smlouvu zveřejnit.
Ovšem v dalším vámi uváděném případě, kdy došlo (omylem?) ke zveřejnění úplně jiné smlouvy (míněno jejího textového obsahu), nelze vůbec uvažovat o tom, že se chyba týká pouze „části smlouvy“ (§ 7 odst. 2 první část věty). Pak je jednoznačné, že po uplynutí 3 měsíců od uzavření takto chybně zveřejněné smlouvy došlo k naplnění § 7 odst. 1, tedy že smlouva je zrušena od počátku.
