Domnívám se, že jste si sám správně odpověděl:

1. Náhradní zasedání by měl být pokračováním předčasně ukončeného.
2. Neměl by se na něm schvalovat program, ale mělo by se pokračovat projednáním dosud neprojednaných bodů.
3. Již projednané vbody není třeba znovu projednávat, ba dokonce to nelze, protože by nebylo jasné, zda platí usnesení (pokud bylo k bodu přijato) z nedokončeného zasedání nebo z náhradního zasedání. Již přijatá usnesení jsou platná a lze je pouze případně revokovat (zrušit) a přijmout nové.
4. Na program náhradního zasedání rada nemůže již zařazovat žádné jiné body. Projednají se jen body, schválené a neprojednané na předčasně ukončeném zasedání. To však nevylučuje postup podle § 94 odst. 2:

O zařazení návrhů přednesených v průběhu zasedání zastupitelstva obce na program jeho jednání rozhodne zastupitelstvo obce.

5. Pokud chce rada ve stejném termínu jako je náhradní zasedání projednat další body, půjde o další (mimořádné) zasedání, které by měl starosta jako mimořádné svolat a rada by k němu navrhla program (který samozřejmě může každý zastupitel navrhnout doplnit či změnit).
6. Bod, který byl rozjednán na předčasně ukončeném zasedání, se musí na náhradním zasedání znovu projednat. Nelze jeho zařazení na program znovu schvalovat. Samozřejmě však ve smyslu § 92 odst. 2 může zastupitelstvo kdykoliv rozhodnout o tom, že určitý bod se z programu jednání zastupitelstva vyřadí.
7. Otázka toho, zda platí „přihlášky“ již přihlášených zastupitelů i při novém projednání na náhradním zasedání, je nejasná, domnívám se ale, že je nadbytečná, protože neprojednaný bod musí být zahájen a k němu se znovu mohou zastupitelé přihlásit.

Souhlasím, že postup, jak jste ho popsal, znamená obejití zákona a cestu, jak „neprojednat schválené body, které se na pořad jednání dostaly na schválený návrh programu během jednání“.

Z popisu se zdá, že jádro situace spočívá v tom, zda menšina v zastupitelstvu může v okamžiku, kdy většina je oslabena nepřítomností některých svých členů, vnutit na jednání zastupitelstva bod, který většina projednat nechce.

Vposled to samozřejmě vnutit nemůže, ovšem při obraně proti tomuto vnucení (což je legitimní taktika menšiny, která má právo pokoušet se nastolit určitá témata v diskusi) musí postupovat podle zákona a jednacího řádu, nikoli jejich obejitím nebo porušením. Pokud k obraně přistoupí tím, že předčasně ukončí zasedání snížením počtu přítomných (což je také legitimní taktika), pak se s věcí musí na náhradním zasedání vypořádat „čelem“ a nikoli úhybnými manévry a překroucením zákona. Musí náhradní zasedání řádně zahájit a na návrh člena zastupitelstva hlasovat o vyřazení již zařazeného bodu. Pokud takovéto hlasování kvůli potřebě pozitivní většiny nezíská souhlas, nedá se nic dělat – bod musí na jednání zůstat a projednat se.

Vynutitelnost

Jiná otázka je, jak je tento správný postup vynutitelný. Obávám se, že vzhledem k tomu, že výkladová praxe bohužel neuznává nadřazenost jednacího řádu nad jednotlivá usnesení zastupitelstva, a vzhledem k tomu, že drobná porušení zákonné úpravy procedury jednání zastupitelstva se nepovažují za důvod pro neplatnost případných usnesení, spočívá snaha o nápravu v těchto případech jen na

1. Politické odpovědnosti většiny za porušování zákona (lze ji kritizovat v médiích)
2. Provedení kontroly a dozoru ze strany MV, která by v takovém případě pravděpodobně konstatovala porušení zákona, ovšem nikoli v intenzitě, která by znamenala neplatnost některých usnesení. Dozor MV by též vyzval k nápravě, což by ale de facto znamenalo výzvu k tomu, aby se popsaný postup neopakoval. Závěry dozoru MV v tomto smyslu nejsou vymahatelné, jde pouze o relativně respektovanou autoritu.